Ubicada como parroquia al sur de la ciudad, al otro lado del río Arlanzón, esta iglesia fue construida a comienzos del siglo XVI. Bajo el macizo del cuerpo de campanas se abre la portada principal adornada con un bello Calvario, con la Virgen y San Juan, obra de Juan de Vallejo.

En su interior, de tres naves cubiertas por bóvedas tardogóticas, lucen retablos barrocos, siendo el principal, realizado entre los años 1663 y 1675, obra de los maestros Policarpo de la Nestosa, Juan de Pobes y Juan de los Helgueros. En la nave del Evangelio se encuentra el sepulcro del famoso rejero renacentista Cristóbal de Andino.

A los pies de la iglesia, nave de la Epístola, se abre la hornacina donde se venera la imagen de Jesús con la Cruz  a Cuestas, titular de la Ilustre Archicofradía del Santísimo Sacramento y Jesús con la Cruz a Cuestas. Junto a Él, en una capilla lateral, se encuentra un Cristo crucificado de tamaño natural de escultor anónimo, realizado a finales del siglo XVI.